Победители хакатона по биоинформатике предложили алгоритмы, улучшающие качество обработки данных

Подведены итоги биоинформатического хакатона, который проходил в рамках VI Международной научно-практической школы «Анализ отдельных клеток» (ASCA Workshop 2024).

В хакатоне попробовали свои силы 4 команды, для каждой из них была поставлена задача в области биоинформатики:

• Аннотирование регионов и типов клеток по данным пространственной транскриптомики опухолей

• Сравнительный анализ алгоритмов прогнозирования взаимодействия регуляторных ДНК на основе данных анализа открытости хроматина (метод scATAC-seq)

• Изучение хроматин-ассоциированных РНК по данным РНК-ДНК интерактома на уровне единичных клеток

• Разработка методов для дифференциального анализа генных регуляторных сетей

Хакатон — формат соревнования, участники которого решают поставленную задачу за определённый срок. Особое внимание жюри уделяет качеству и скорости выполнения задания.

Модераторами хакатона выступили научный сотрудник Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова Анна Валяева и руководитель лаборатории биоинформатики и молекулярной генетики Института  биологии развития им. Н.К. Кольцова РАН, канд. биол. наук Марат Сабиров.

— До начала хакатона у участников было два дня практик по биоинформатике. Кроме того, все они приехали на школу уже с опытом научной работы и знаниями, необходимыми для решения задач хакатона, поэтому я не сомневалась, что у них все получится, — рассказала Анна Валяева.

Награждение победителей хакатона

Команды представили свои проекты в последний день проведения школы, 30 августа, на круглом столе «Опыт анализа отдельных клеток». Победителями хакатона стали две команды:

Команда Spatial Enthusiasts:

• Салех Алрхмун, НИИ фундаментальной и клинической иммунологии

• Роман Перик-Заводский, НИИ фундаментальной и клинической иммунологии

Салех Алрхмун

Команда ATACyem:

• Анна Коробейникова, ЦСП ФМБА России

• Арина Цветкова, Воронежский государственный университет

• Алеся Малюченко, Московский физико-технический институт

• Денис Максимов, Московский государственный университет

- Задачи, которые были поставлены перед участниками хакатона, достаточно сложные; на их решение требуется значительное количество времени, - подчеркнул сопредседатель Оргкомитета Школы, д-р биол. наук Евгений Денисов. Он уточнил, что команды победители сумели предложить новые алгоритмы, которые в разы сокращают время биоинформатического анализа и интерпретации полученных данных. 

—  Уже второй год принимаю участие в школе. Мне нравится соревновательный аспект хакатона. С биоинформатикой наша команда уже хорошо знакома: в Новосибирске в лаборатории молекулярной иммунологии мы также применяем пространственную транскриптомику, проводим single-cell анализ. В прошлом году мы приезжали в Томск на практикум по работе с технологией пространственной транскриптомики Visium, в этом году — уже успешно используем ее у себя в институте. Научно-практическая школа позволяет в кратчайшие сроки перейти от знакомства с технологией к внедрению ее в собственную практику, — поделился Роман Перик-Заводский, сотрудник НИИ фундаментальной и клинической иммунологии (г. Новосибирск).

Всего участниками ASCA Workshop 2024 в Томске стали 60 молодых исследователей, представителей России, Казахстана, Пакистана и Индии. В течение пяти дней эксперты из России, Китая, Германии, Австрии делились с ними опытом на лекциях, мастер-классах, лабораторных и биоинформатических практикумах.

·       Организаторы:  Томский НИМЦ, Российский университет дружбы народов, Ассоциация анализа отдельных клеток (ASCA), Ассоциация цифровой ПЦР (DPA)

·       Партнеры школы: компании SeekGene, RWD, Sesana, SkyGen, Химмед, Helicon, QuadrosBio, BioLine