Приглашаем всех заинтересованных присоединиться к очередной лекции в рамках магистерской программы Томского НИМЦ
“Биоинформатика. Мультиомика единичных клеток”.
- Тема: Eye1k: многомерный атлас единичных клеток сетчатки и зрительного нерва мыши
-
Лектор: Эмиль Крюков, Senior Bioinformatician, Schepens Eye Research Institute of Mass Eye and Ear Department of Ophthalmology, Harvard Medical School Department of Ophthalmology, University of Pittsburgh
-
Дата: 16 июня
- Время: 9:00 Мск
- Платформа: Zoom
На лекции будет рассмотрен проект, финальной целью которого является создание комплексного мышиного атласа сетчатки и зрительного нерва. Мы рассмотрим как получить данные из разных источников, унифицировать метаданные, провести индивидуальный процессинг каждого набора данных, контроль качества, фильтрацию клеток и генов, а также привести данные к сопоставимому формату. Также рассмотрим современные методы машинного обучения, включая scvi-tools, scVI и scANVI, и как качество интеграции оценивается с помощью scIB. Отдельное внимание уделим масштабированию анализа, принципам аннотации и обсуждению того, как комплексный атлас помогает сравнивать заболевания, реконструировать временные линии повреждения и старения, находить редкие популяции и определять пробелы в существующих данных.
Регистрация по ссылке