С 1 по 4 декабря в г. Санкт-Петербурге прошел хакатон по биоинформатике БХТ’2025: научное соревнование, участникам которого предложили решить актуальные задачи на стыке биологии, медицины и data science.
- Соорганизаторами БХТ’2025 выступили: Ассамблея по эстетической медицине и трихологии (АЭМТ сервис), Фонд «Развитие и интеграция искусства и здоровья» (ФРИИЗ), Томский НИМЦ, Факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М.В. Ломоносова, Российский университет дружбы народов, Институт высшей нервной деятельности и нейрофизиологии РАН, и Лаборатория мультиомиксных технологий.
В этом году для участия в хакатоне поступило более 140 заявок, по итогам отбора за победу боролись 6 команд из разных городов.
Заведующий лабораторией биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ, д-р биол. наук Евгений Денисов вошел в состав Программного комитета хакатона; в команду модераторов вошли руководитель Центра системной биоинформатики Томского НИМЦ Павел Ямщиков и младший научный сотрудник лаборатории биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ Ростислав Воробьев.
- Каждая команда работала над конкретной задачей, к примеру: выявить функциональные генные модули, которые характеризуют транскрипционный ландшафт лимфом на single-cell уровне и имеют потенциальную клинико-биологическую значимость; выявить регуляторные элементы, участвующие в перепрограммировании экспрессии генов в макрофагах и т.п., - рассказал д-р биол. наук Евгений Денисов. Он уточнил, что каждая задача получила предварительное одобрение программного комитета и несет прикладное значение: ее решение послужит основой для дальнейшей работы исследовательских команд.
Первое место по итогам хакатона заняла команда «High-Tolerated», которая решала задачу, поставленную Институтом физиологии им. И.П. Павлова.
- Команда-победитель за 3 дня сумела предложить решение задачи по выявлению стресс-индуцированных изменений в клетках гиппокампа и амигдалы крыс по данным тотального РНК-секвенирования, - прокомментировал модератор команды – Павел Ямщиков, – сложность задачи заключалась в том, что мозг отличается особенно высоким клеточным разнообразием и даже небольшие изменения в соотношении нейронов, астроцитов и микроглии способны маскировать или искажать сигнал дифференциальной экспрессии. Команда «High-Tolerated» смогла не только восстановить пропорции клеточных типов из тотального РНК-секвенирования, но и связать молекулярные сдвиги на уровне единичных клеток в гиппокампе и миндалине с поведенческими проявлениями уязвимости\устойчивости к хроническому стрессу.
Все участники хакатона получили ценные подарки, а победители – денежный приз.
- В первый раз хакатон проводился в 2024 году, тогда команда Томского НИМЦ взяла «серебро».